Работодатель хочет прописать в трудовом договоре сотрудника, что тот будет получать не определенную сумму (оклад), а процент от выручки. Можно ли так сделать?

Конечно, нет.

Один из обязательных пунктов трудового договора – условие об оплате труда. В частности, в договоре должны быть указаны размер тарифной ставки или оклада, доплаты, надбавки и поощрительные выплаты.

А указание в трудовом договоре размера зарплаты не в твердой сумме, а в процентах, ТК не предусмотрено.

Источник: Онлайнинспекция.рф