С суммы среднего заработка за время вынужденного прогула, которую организация выплатила работнику по решению суда, нужно начислить НДФЛ.
При этом организация-работодатель в любом случае признается налоговым агентом. А кто должен уплатить этот НДФЛ в бюджет – сам работник или организация - зависит от того, что написано в судебном решении.
Если суд не разделил сумму на причитающуюся физлицу и подлежащую удержанию в качестве НДФЛ, организация не имеет возможности удержать налог с выплаченного по решению суда дохода. А дальше по стандартной схеме: если в дальнейшем будут иные выплаты этому физлицу, налог можно доудержать. В противном случае, нужно будет сообщить ИФНС и физлицу о невозможности удержания НДФЛ.