Компания-работодатель находится в Москве, а дистанционный сотрудник живет и работает в северном регионе (например, в г.Норильске). Должен ли работодатель начислять на его зарплату районный коэффициент и северные надбавки.

Да, должен.

Как разъяснил Роструд, в данной ситуации важно не место нахождения работодателя, в штате которого состоит работник, а место выполнения дистанционным сотрудником трудовой функции.

Соответственно, если сотрудник фактически работает в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, его зарплата должна быть увеличена за счет северных надбавок.

Источник: Письмо Роструда от 12.09.2023 № ПГ/18818-6-1

Также вам может пригодиться в работе Путеводитель по кадровым вопросам «Особенности дистанционной (удаленной) работы».