Минфин считает, что нужно.
Аргументация простая: перечни операций, не признаваемых объектом обложения НДС и освобождаемых от налогообложения, установлены пунктом 2 статьи 146 и статьей 149 НК. Выполнение работ (в том числе без взимания дополнительной платы) по устранению в течение гарантийного срока недостатков, выявленных в ранее выполненных работах, в этих перечнях не упомянуты. Соответственно, выполнение работ, связанных с устранением недостатков в рамках гарантийных обязательств без взимания с заказчика допплаты, облагается НДС.
