Все дело в том, что основанием для отказа в НДС-вычете могут быть только такие ошибки (неточности) в счете-фактуре, из-за которых налоговики не могут идентифицировать продавца, покупателя, наименование товаров (работ, услуг), их стоимость, ставку НДС и/или сумму налога.

По мнению ФНС, некорректное указание в счете-фактуре реквизитов прослеживаемости к таким критичным в целях НДС ошибкам не относится. Равно как и:

- отсутствие в счете-фактуре «прослеживаемых» граф;

- оформление бумажного счета-фактуры на прослеживаемый товар.

Источник: Письмо ФНС от 25.10.2021 № СД-4-3/15059@

Также рекомендуем ознакомиться с Обзором «Прослеживаемость импортных товаров: новые правила с 8 июля 2021 года».